La Iglesia de San Juan Bautista era en el siglo XIX una de las más importantes de la ciudad.
En 1.877, debido a su hundimiento, todos sus enseres, incluída la imagen que daba nombre al templo, se incorporaron a la Iglesia de Santo Domingo de Siles, permaneciendo allí hasta el 24 de Junio de 1.912, fecha en la que se traslada al Salvador, ya definitivamente. Esta talla era de Luis Salvador Carmona.
Los primero intentos para la fundación de la hermandad son de 1.912-1.913, con encargo de las Constituciones a D. Bernardino Higueras, Coadjutor de El Salvador, por parte de su párroco D. Herminio Lozano del Moral, quién convoca reunión en la sacristía a los interesados en formar parte de la Hermandad, no habiendo suficientes fieles en la Junta.
Hasta 1.934 D. Cruz Laplana no aprueba la constitución de la Hermandad, con 50 hermanos, nombrando Hermano Mayor a D. Eloy Martínez, desfilando ya en el próximo Miércoles Santo, con capuz blanco, cruz verde en el escudo y túnica morada. D. Cruz Laplana le da el título de “Venerable”.
Como la mayoría de las Hermandades desaparece en 1.936 con su patrimonio.
Tras la guerra, se le encarga a D. Luis Marco Pérez una nueva talla de San Juan Bautista, la cuál es entregada el día 3 de Abril de 1.941 a la hermandad. Al haber 6 escasos días para preparar el desfile procesional, el Domingo de Ramos de ese año se anula la subasta realizada y se decide desfilar sin talla acompañando a la hermandad del Ecce Homo de San Miguel.
A partir de 1.942 comienza a desfilar la talla actual, obra de Marco Pérez.
En 1.954, la Junta de Cofradías pide a la hermandad que, por motivos de cronología, se incorpore al desfile procesional del Martes Santo, que así lo hace, pasando a presidir la procesión del perdón. En este mismo año se doran las andas a cuenta de la Junta de Cofradías, por Jimeno Monrabal de Madrid.
Se encargan en 1.967, unas nuevas andas, de dos pisos, al ebanista conquense José Gallego, siendo estas con las que se desfila en la actualidad.
Constan de un armazón (en la actualidad de aluminio, siendo originalmente de tubo de hierro), recubierto de chapas de madera de olivo. Completan el conjunto cuatro grupos de forja hechos por Vitoriano Carbonero. En 2.007, las molduras que servían de adorno fueron sustituidas por tallas en madera de olivo hechas sobre los originales, que en barro esculpió Tomas Bux.
En la actualidad la hermandad consta con alrededor de 1.300 hermanos, siendo en 1.950 de las primeras hermandades que unificó su lista de hermanos, no haciendo distinción entre hermanos y hermanas.
